Германская Военно-морская авиация использовала свою собственную нумерацию, независимую от армии.

Нумерация была введена с официальным образованием воздушных сил флота 3 мая 1913 года, когда у флота уже было 20 самолётов. Они сперва имели префикс D (Doppeldecker - биплан) или E (Eindecker -моноплан), но начиная с №21 от него отказались.

В дальнейшем бортовой номер самолета состоял из последовательного номера до 9999, который присваивался машине при заказе. После начала войны номера 121-200 резервировались для реквизированных гражданских самолётов, многие из которых не были приняты флотом (считается, что флот принял всего 15 машин), а также для переставляемых на поплавки колёсных машин учебной группы, прежние номера которых сохранялись, внося большую путаницу. Когда при заказе новых самолётов это вызвало конфликт, решили разделить новые заказы на 200-е для разведчиков, и 300-е для торпедоносцев, но последние в тот период не пошли, и большинство 300-х номеров остались не использованными. Поэтому, начиная с № 401 и почти до конца войны нумерация шла сплошная по заказам, не взирая на тип самолёта, неиспользованные номера обычно означали отмену заказа. В конце войны для номеров выше 3000 новые заказы снова были сгруппированы в изолированных блоках.

Некоторые самолёты на службе одно время могли нести префикс базы (B - Borkum; N - Nordeney; H - Heligoland; L - List (Sylt); W - Wilhelmshaven; Ho - Holtenau (Kiel); Wa - Warnemunde; плавбазы: SE - Santa Elena; A - Answald; 0 - 0swald; and S - Stuttgart), но официально это не было принято и обычно не применялось, за исключением Киля и, возможно, Варнемюнде.

В отличие от армии, флот не придерживался строгой системы обозначений типа самолета. Обычно использовалось обозначение фирмы-изготовителя, или соответствующее армейское обозначение для типа самолета, используемого обеими авиациями с добавлением индекса W (Wasser).

В морской авиации имелось также небольшое количество колёсных самолётов для учебных целей, они несли отдельную нумерацию и здесь не рассматриваются.