9 июня прусские войска вошли в Гольштейн, а 10 июня Пруссия представила Федеральному собранию план реорганизации Германской Конфедерации без Австрии, так называемое "Малое немецкое решение". 14 июня общегерманский Бундестаг одобрил запрос Австрии о федеральном исполнении против Пруссии и назначил Карла Баварского командующим. Пруссия большинством голосов вышла из Германской Конфедерации. 15 июня Пруссия предъявила ультиматум королевствам Ганновер и Саксония, а также курфюршеству Гессену после того, как те согласились на федеральное исполнение против Пруссии, а 16 июня обратилась к 19 северным и центральным германским государствам с предложением заключить союз и подчинить свои армии Пруссии, пообещав им независимость и территориальную целостность. Семнадцать стран приняли предложение, иногда под давлением.

17 июня Австрийская империя объявила войну Пруссии. Началась Австро-прусская война. В ходе многочисленных сражений с 26 июня Пруссия в основном одерживала победы, 29 июня вынуждено было капитулировать Ганноверское королевство. 3 июля в решающем сражении Германской войны у деревни Садова прусские войска под командованием Гельмута фон Мольтке разбили армии Австрии и Саксонии. Затем 1-я прусская армия под командованием Фридриха Карла преследовала австрийцев до Брно; 2-я армия под командованием наследного принца Пруссии Фридриха Вильгельма пошла на Оломоуц, а армия Эльбы последовала за австрийцами через Иглау в Зноймо. В середине июля пруссы достигли района Дуная и без особого сопротивления продвинулись до линии Штоккерау и Гензерндорф в северном районе Вены. 8 июля без боя была оккупирована Прага, 13 июля в битве под Фронхофеном Пруссия разбила Гессен, 14 июля взяла Ашаффенбург, а 16 июля без боя оккупировала Франкфурт-на-Майне. 22 июля начались мирные переговоры в Никольсбурге. 26 июля Пруссия и Австрия подписали предварительный Никольсбургский мир. Южногерманские земли Бавария (22 августа), Вюртемберг (13 августа) и Баден (17 августа) заключили с Пруссией охранительные и оборонительные союзы, которые также считались мирными договорами.

Посколько военно-морская угроза от Австрии отсутствовала, прусский флот сконцентрировал свои усилия против Королевства Ганновер, боевые действия против которого начались 15 июня с обеспечения переправы воёск через Эльбу возле Альтоны, поддержки армию в штурме крепости Штаде и других ганноверских укреплений на Эльбе, Везере и Эмсе. Подкрепленные кораблями, переброшенными из Балтийского и Средиземного морей, они заняли важнейшие порты и подняли флаги вдоль всего побережья Восточной Фризии.

18 августа Пруссия заключила Августовский союз со своими союзниками, тем самым беря на себя обязательство по созданию Северо-Германской Конфедерации, а 23 августа в Праге было подписано мирное соглашение, завершившее Австро-прусско-итальянскую войну. 24 августа в Аугсбурге состоялось заключительное заседание немецкого Бундестага, на котором было принято решение о роспуске Германской Конфедерации. Пруссия получила право создать новый общегерманский союз под своим верховенством. Австрия отказалась от своих прав на Шлезвиг и Гольштейн в пользу Пруссии.

1 октября Пруссия аннексировала четырех своих военных противников к северу от Главной линии, которые стали прусскими провинциями или частями провинций. Это Королевство Ганновер, Курфюршество Гессен (Гессен-Кассель), Герцогство Нассау и Вольный город Франкфурт. Также были аннексированы небольшие территории Королевства Бавария и Великого герцогства Гессен (Гессен-Дармштадт). Другие противники войны к северу от Главной линии остались в качестве государств, но должны были присоединиться к Северо-Германской Конфедерации. Это Королевство Саксония, Герцогство Саксония-Майнинген и Курфюршество Ройсс старшей линии.

Людвиг совершенно не интересовался политикой, оставив её министрам, а сам сосредоточился на развитии культуры. Ввиду надвигающейся немецкой войны Людвиг хотел отречься от престола и уехать в Швейцарию. 11 мая Людвиг подписал приказ о мобилизации, согласно которому Бавария вступила в войну на стороне Австрии. Людвиг, у которого с детства было мало военного духа, оставил военную политику своим министрам и удалился от общественной жизни в замок Берг и на остров Роз на озере Штарнберг, понятно, что с помощью яхты. В мирном договоре после поражения Бавария обязалась выплатить Пруссии сравнительно небольшую сумму. Территориальные потери также остались небольшими, были уступлены только Герсфельд, Орб и Каульсдорф. В Баварии в поражении в первую очередь винили министров и военное руководство, но баварская армия в начале войны находился в запустении в том числе из-за отсутствия интереса короля. В рамках защитно-оборонительного союза Бавария, как и другие южногерманские государства, в случае заключения союза передала свою армию под прусское командование.

Людвиг II очень любил свою яхту Tristan, в 1866 году он приглашал на прогулки на корабле Рихарда Вагнера.

Фридрих Франц II согласно военной конвенции с Пруссией имел звание генерала пехоты Прусской армии и проводил много времени в военных манёврах и походах. В немецкой войне 1866 года он возглавил II прусский резервный корпус, который был дислоцирован в районе Баварии. Он оказался компетентным армейским руководителем и 9 августа был награжден орденом Pour le Mérite.

Яхтой, которая находилась при главной резиденции в Шверине, судя по всему, пользовалась его мать и семья.