В апреле 1849 г., по окончании срока перемирия, боевые действия возобновились, в том числе и на море. Все они свелись к незначительным столкновениям с датскими кораблями, блокирующими побережье. 24 июля 1849 г. стороны подписали очередное перемирие на полгода, но в дальнейшем возобновлении войны Пруссия уже не участвовала.

В начале 1849 к флоту присоединились 3 корабля, которые Дуквиц купил в Англии: Inca, Cacique и Cora, названные Großherzog von Oldenburg, Frankfurt и Der Königliche Ernst August.

В марте 1849 присоединились купленные у Кунарда Атлантические пароходы Britannia и Acadia, которые были переименованы в Barbarossa и Erzherzog Johann (правда второй из за повреждений задержался в ремонте до конца войны).

18 марта, когда король Пруссии отозвал домой принца Генриха, командующим флота стал фрегаттен-капитан Бромми, который ранее служил в греческом флоте. Он оборудовал в Бремерхафене морскую базу, организовал вооружение и команды кораблей. Из-за нехватки национальных кадров, Бромми был вынужден пополнять ряды офицеров в основном из британцев и бельгийцев.

Единственным боевым столкновением германского флота под командой Бромми стала битва при Гельголанде (1849) против датчан 4 июня 1849 года с нарушением территориальных вод тогда ещё британского Гельголанда, и чтобы предотвратить конфликт с Великобританией, больше активных мероприятий не проводилось.

В августе из США в Бремерхафен прибыло последнее и самое крупное приобретение флота - Hansa (бывший United States).

Ганновер и центральная власть вели переговоры, согласно которому Ганновер, как крупнейшее государство Северного моря, должен был принять на себя управление флотом, но 17 сентября 1849 года король Ганновера отступил, поскольку был предсказуем конец центральной власти в ее нынешнем виде, и Ганновер опасался необходимости в одиночку покрывать расходы на содержание значительного флота. Наконец, он больше не находился в состоянии войны с Данией.

Несмотря на закрытие Национального собрания в мае 1849 года, деятельность военно-морского министерства под руководством имперского министра иностранных дел Йохмуса продолжалось, в том числе 23 ноября оно присвоило Бромми чин контр-адмирала.

После того как очередные переговоры зашли в тупик, в апреле 1849 г., по окончании срока перемирия, боевые действия возобновились, в том числе и на море. Все они свелись к незначительным столкновениям гребных канонерок с датскими кораблями блокирующими побережье.

19 апреля 1849 года из Киля по каналу Эйдер в Северное море было отправлено подразделение из четырех палубных канонерских лодок, в качестве буксира и флагмана которым придали небольшой пароход Kiel, вооружённый к этому времени в Глюкштадте. 4 мая вступил в строй самый крупный корабль флотилии, Bonin. 5 апреля 1849 был захвачен датский фрегат Gefion, который в следующем году вошёл в состав флота как Eckernförde.

24 июля 1849 г. стороны подписали очередное перемирие на полгода.

В ноябре для учебных целей был арендован куттер Tümmler.

Максимилиан II пытался сохранить независимость Баварии в составе Германской Конфедерации. Он отверг имперскую конституцию, принятую Франкфуртским национальным собранием 28 марта 1849 года. Это вызвало Пфальцское восстание. Король призвал на помощь прусских военных, и 10 июня 1849 года баварский армейский корпус вошел в Пфальц, подавив восстание.

Максимилиан II любил водные прогулки без особой помпы. Ему нравилось выходить на лодке в одиночку на маленьком Альпсее в недавно построенном замке Хоэншвангау, также он появлялся и на оз. Штарнберг.

Фридрих Франц II не был склонен к праздности и проводил много времени в военных манёврах и походах. Яхтой, которая находилась при главной резиденции в Шверине судя по всему, пользовалась его семья и мать.

Фридрих Франц заключил военную конвенцию с Пруссией, получив звание генерал-майора прусской армии.

Продолжалось строительство пышного Шверинского замка на озёрном острове.

22 февраля отказ Дании от Мальмёнского перемирия привёл к новой вспышке Шлезвиг-Гольштейнской войны.

27 марта Национальное собрание Франкфурта приняло конституцию. 28 марта Фридрих Вильгельм IV Прусский был избран Франкфуртским национальным собранием императором Германии, но 3 апреля он отказался от императорской короны, опасаясь, что это, вероятно, спровоцирует войну против Австрии.

5 апреля произошла битва при Эккернфёрде в рамках Шлезвиг-Гольштейнской войны.

11 мая с солдатского мятежа в крепости Раштатт началась вторая Баденская революция.

26 мая Пруссия, Саксония и Ганновер заключили союз трёх королей с целью основания федеративного государства (Эафуртский союз).

31 мая была проведена последняя сессия Национального собрания Германии во Франкфурте-на-Майне, за которой последовал переезд остатков парламента в Штутгарт.

4 июня произошёл единственный морской бой Германского государственного флота с датскими кораблями возле Гельголанда.

18 июня военной силой были разогнаны остатки Франкфуртского национального собрания, переехавшие в Штутгарт.

23 июля прусскими войсками был взят Раштатт, что положило конец второй попытке установить республику в Великом герцогстве Баден.