Фридрих Вильгельм III стремился к миру и старался придерживаться нейтралитета. 28 июля был заключен союз с Россией, но во Второй антифранцузской коалиции Пруссия не участвовала.

Прусская морская торговая компания всё ещё существовала, но, видимо, не имела ни одного собственного корабля, пользуясь услугами частных судоходных компаний.

Макс Иосиф, предпочитавший нейтральную позицию, поначалу не смог отказаться от нового антифранцузского союза, вступив во вторую коалицию. 3 декабря баварская армия проиграла битву при Гогенлиндене против наполеоновской Франции на стороне Австрии во Второй коалиционной войне и Макс Йозеф бежал через Амберг в тогдашний прусский Байройт.

Максимилиан IV не особо интересовался развлечениями, данных об использовании им яхт не обнаружено.

Кобленц находился под французской оккупацией, Клеменс Венцеслав прятался в Саксонии.

Яхтенная флотилия отстаивалась в безопасном месте в Ганновере.

Вторая коалиционная война.

5 мая Наполеон Бонапарт начал новую военную кампанию. В битве при Мескирхе, одном из самых кровопролитных сражений Второй коалиционной войны, Рейнская французская армия, посланная Наполеоном под верховным командованием генерала Моро, вынудила австрийскую армию под командованием Пауля Края фон Крайовой отступить и таким образом оставить юго-западную Германию.

9 июня французы разбили австрийские войска в битве при Монтебелло-делла-Батталья.

14 июня Наполеон атаковал Австрию. Битва при Маренго принесла Наполеону решающую победу.

19 июня Рейнская французская армия под командованием Жана-Виктора Моро после перехода через Дунай одержала победу над австрийскими и союзными вюртембергско-баварскими войсками в битве при Хёхштадте. Противостоящий генерал Пауль Крей фон Крайова вынужден был уйти из Ульма.

20 июня Наполеоновская армия захватила город Турин. После их падения Королевство Сардиния-Пьемонт было распущено французами во второй раз, а король был объявлен свергнутым. Страна объявлена, как Субальпийская республика под французским военным управлением.

5 сентября после блокады британцы отбили Мальту, оккупированную наполеоновскими частями с 1798 года.

3 декабря в битве при Хоэнлиндене французская армия под командованием генерала Жана-Виктора Моро нанесла поражение австро-баварским войскам под командованием эрцгерцога Иоанна Австрийского. Успех позволил продвинуться к Вене.

12–14 декабря в битве при Вальзерфельде под Зальцбургом Императорская и Королевская главная армия под командованием эрцгерцога Иоганна одержала победу над частью французской Рейнской армии (бывший I корпус Лекурба), но из-за успешного форсирования реки Зальцах дальше на север у Лауфена массой французских войск под командованием Жана-Виктора Моро австрийская армия оказалась под угрозой окружения в районе Зальцбурга. Это вынудило её к дальнейшему отступлению в сторону Вены, чтобы спасти теперь уже сильно потрёпанные австрийские войска.

25 декабря Штайрское перемирие положило конец наступлению французов под Мельком.