Фридрих Вильгельм III стремился к миру и старался придерживаться нейтралитета. Когда вокруг Великобритании сформировалась Вторая коалиция с Россией и Австрией, которая начала новую войну против французов 1 марта 1799 года, Пруссия их не поддержала.

Прусская морская торговая компания всё ещё существовала, но, видимо, не имела ни одного собственного корабля, пользуясь услугами частных судоходных компаний.

Престарелый Карл Филипп Теодор 16 февраля умер в Саксонии, и по пресечении с его смертью Пфальц-Зульцбахской линии Виттельсбахов, ему наследовал Максимилиан IV Иосиф из Пфальц-Биркенфельдской линии. Его царствование ознаменовалось энергичными реформами в духе просвещенного абсолютизма, развлечения его не особо интересовали, данных об использовании яхт не обнаружено.

Когда в ноябре в результате переворота Наполеон Бонапарт стал первым консулом Французской Республики и, таким образом, единоличным правителем, из-за стратегической ситуации Макс Иосиф, предпочитавший нейтральную позицию, поначалу не смог отказаться от нового антифранцузского союза, вступив во вторую коалицию.

Кобленц находился под французской оккупацией, Клеменс Венцеслав прятался в Саксонии.

Яхтенная флотилия отстаивалась в безопасном месте в Ганновере.

12 марта началась Вторая коалиционная война.

21 марта в битве при Острахе австрийская армия под предводительством эрцгерцога Австро-Тешена Карла разбила французские войска под командованием генерала Жана-Батиста Журдана, вторгшиеся в южную Германию, и отступила к Штокаху.

25 марта в битве при Штокахе австрийская армия во главе с эрцгерцогом Австро-Тешенским Карлом одержала еще одну победу над французской Дунайской армией Жана-Батиста Журдана.

27 апреля русские и австрийские войска победили французов в битве при Адде.

29 апреля два французских дипломата погибли в результате убийства посланника в Раштатте, которое так и не было раскрыто. Этот акт положил конец Раштаттскому конгрессу и предотвратил мирное соглашение между Францией и Австрией.

27 мая австрийские войска разгромили французскую армию в битве при Винтертуре в Швейцарии.

4 июня австрийские войска под командованием эрцгерцога Карла разбили французскую армию под командованием Андре Массена в Первой битве при Цюрихе в Швейцарии.

19 июня в битве при Треббии австрийские части под командованием Михаэля фон Меласа вместе с русскими войсками под командованием Александра Васильевича Суворова нанесли поражение французской армии под командованием Жака Макдональда. Северная Италия в военном отношении для французов была потеряна.

15 августа русско-австрийские войска одержали победу над французскими войсками в битве при Нови.

25/26 сентября французы под командованием Андре Массена разгромили русско-австрийскую коалиционную армию во Второй битве при Цюрихе.

9 октября Наполеон Бонапарт вернулся во Францию из Египта, где он в этом году взял аль-Ариш (19 февраля), Яффо (3-7 марта), осадил Акру (20 марта), разбил османов в битве при горе Фавор (16 апреля), но снял осаду из-за бубонной чумы (21 мая) и отступил в Египет, разбил османские войска в битве при Абукире (25 июля) и занял сам форт (2 августа).

10 ноября после переворота под давлением военных Наполеон Бонапарт был назначен первым консулом и 13 декабря объявил Французскую революцию оконченной.