Пруссия испытала особое унижение, когда Наполеон предложил Великобритании Ганновер в мирных переговорах через голову Фридриха Вильгельма, которому сам совсем недавно пожаловал эту территорию. После того, как количество французских провокаций увеличилось, 9 августа Фридрих Вильгельм III объявил мобилизацию армии.

Были также организованы маленькие морские силы в Штеттине, около Данцига и в Восточной Пруссии, которые назывались "Королевская флотилия" (Königliche Flottille).

26 сентября прусский король написал письмо Наполеону, в котором призвал французского императора признать прусскую зону нейтралитета и вернуть прусские территории на Нижнем Рейне. Вслед за письмом 27 сентября он выдвинул ультиматум. Наполеон не ответил на ультиматум, но ответил на письмо Фридриха Вильгельма III, дав ему понять, что Франция превосходила Пруссию в военном отношении.

9 октября 1806 года, через день после истечения срока действия прусского ультиматума, Наполеон объявил войну Пруссии. Хотя Фридрих Вильгельм III передал общее командование прусскими войсками Герцогу Брауншвейгскому Карлу Вильгельму Фердинанду, но ни он, ни король не взяли кампанию под свой контроль. Наполеон, с другой стороны, смог отреагировать быстрее. Он приказал своим войскам пройти из Вюрцбурга в Тюрингию.

В битве при Заальфельде 10 октября 1806 года пал принц Людовик Фердинанд, племянник Фридриха II, пользовавшийся влиянием при дворе. В последующем сражении при Йене и Ауэрштедте 14 октября армия короля потерпела сокрушительное поражение. Фридриху Вильгельму едва удалось бежать в безопасное место. 27 октября Наполеон и его войска вошли в столицу Пруссии Берлин, а на следующий день прусская армия под командованием принца цу Гогенлоэ-Ингельфингена сдалась Наполеону Бонапарту под Пренцлау. Вскоре пал Штеттин, вероятно - с частью королевской флотилии.

Фридриху Вильгельму пришлось бежать с женой и детьми в Мемель в Восточной Пруссии, в северо-восточной оконечности страны.

К началу войны Прусская морская торговая компания всё ещё существовала, но, видимо, не имела ни одного собственного корабля, пользуясь услугами частных судоходных компаний. К концу года она полностью прекратила деятельность из-за войны.

За свою верность союзу Бавария была вознаграждена французским императором и согласно Пресбургскому миру преобразована в королевство. 1 января 1806 года в Мюнхене Макс Йозеф был провозглашен первым королем Баварии под именем Максимилиана I Иосифа. Австрия уступила Баварии Тироль и Форарльберг.

В марте 1806 года Макс Йозеф уступил Наполеону герцогство Берг на правом берегу Рейна в обмен на княжество Ансбах.

Точных дат списания старых лодок нет, известно только, что к 1815 они не числились.

30 августа Фридрих Август фон Нассау-Узинген и его двоюродный брат Фридрих Вильгельм фон Нассау-Вайльбург под давлением Наполеона решили объединить свои княжества и сформировать герцогство Нассау, которое было включено в Рейнский союз. Фридрих Август, старший из Дома Нассау, получил титул суверенного герцога Нассау, Фредриху Вильгельму был присвоен титул суверенного принца Нассау. Князья приняли решение окончательно объединить два своих княжества в одно герцогство. Этому решению способствовал тот факт, что у Фридриха Августа не было потомков мужского пола и его наследником в любом случае стал бы гораздо младший Фридрих Вильгельм.

Нет никаких данных об использовании яхт, но достоверно известно, что они в этом году ещё существовали.

1 января правители Баварии (Максимилиан Йозеф) и Вюртемберга (Фридрих) стали королями.

12-16 июля по инициативе Наполеона 16 посланников немецких имперских князей подписывают Акт о Рейнской конфедерации и тем самым основывают Рейнскую конфедерацию. В неё вошли: Королевства Бавария и Вюртемберг, княжества Ашаффенбург, Регенсбург, Нассау-Узинген, Нассау-Вайльбург, Гогенцоллерн-Хехинген, Гогенцоллерн-Зигмаринген, Зальм-Зальм, Зальм-Кирбург, Изенбург, Лихтенштейн, фон дер Ляйен, герцогства Франкфурт, Баден, Берг, Аренберг, ландграфство Гессен-Дармштадт.

6 августа император Франц II из дома Габсбургов-Лотарингии сложил императорскую корону и объявил Священную Римскую империю распущенной. Как Франциск I, он остается императором Австрии.

6 сентября имперский город Франкфурт-на-Майне был включен в состав княжества Ашаффенбург, 15 сентября имперский город Нюрнберг был официально передан недавно основанному Королевству Бавария.

Война 4-й коалиции.

9 октября пруссий король Фридрих Вильгельм III объявил войну Франции, уже 14 октября Наполеон I разбил прусскую армию в битве при Йене и Ауэрштедте, 27 октября взял столицу Пруссии Берлин, а 28 октября прусская армия сдалась Наполеону под Пренцлау. Прусское государство распалось.

16 октября город Эрфурт, принадлежащий Пруссии, капитулировал перед французами после битвы при Йене и Ауэрштедте и находился под их властью до 1814 года.

6 ноября битва при Любеке положила конец отступлению Гебхарда фон Блюхера и 7 ноября в Ратекау фон Блюхер со своими прусскими частями сдался французам под командованием маршала Бернадота. Любек был занят французами.

19 ноября Гамбург был оккупирован наполеоновскими войсками.

11 декабря по Позенскому миру Саксония присоединилась к Рейнской конфедерации, курфюрстом стал Фридрих Август III, 20 декабря ему был пожалован титул короля, как Фридрих Август I, а позже к нему перешло и Варшавское герцогство.

26 декабря битва при Пултуске между французскими и русско-прусскими войсками закончилась ничьей.