К этому времени к Пруссии Наполеон начал относиться весьма бесцеремонно, поэтому прусское правительство решилось на ультиматум, с требованием очищения французами южной Германии и согласия на образование «Северного союза». Наполеон отверг этот ультиматум и поспешил начать наступление.

В первой же битве пруссаки потерпели урон, за которым через несколько дней последовало полное поражение под Йеной и Ауэрштедтом, отдавшее во власть Наполеона всю Германию до Эльбы. Через две недели Наполеон вступил в Берлин, вскоре после того сдались Штетин, Кюстрин, Магдебург. Мекленбург и Ольденбург также были заняты французами. На ганзейские города была наложена тяжёлая контрибуция. Из Кенигсберга, куда удалился прусский двор, Фридрих-Вильгельм III умолял Наполеона прекратить войну, соглашаясь присоединиться к Рейнскому союзу; но победитель делался все требовательнее, и прусский король вынужден был продолжать борьбу. На помощь к нему явилась Россия, выставившая две армии, с целью помешать переправе французов через Вислу. Наполеон обратился к полякам с воззванием и вступил в Варшаву. Целый ряд упорных битв на Висле ознаменовал зиму 1806—1807 гг.; из них сражение при Прейсиш-Эйлау не доставило Наполеону того блестящего успеха, который до тех пор сопровождал его оружие. После занятия французами Данцига (24 мая 1807) и поражения русских под Фридландом (14 июня), позволившего французам занять Кенигсберг и даже угрожать русской границе, 7—9 июля был подписан Тильзитский мир. По условиям Тильзитского договора Пруссия лишилась половины своих владений и, кроме того, должна была выплатить огромную контрибуцию, содержать до окончательной расплаты за свой счёт французские гарнизоны и соблюдать разные стеснительные условия, выгодные для Франции, Наполеон стал полным властелином Германии.

Во время подготовки к войне в августе-октябре 1806 года в Штеттине, около Данцига и в Восточной Пруссии в 1806 были образованы маленькие силы, которые обозначались как „Королевская флотилия“. С началом кампании события развивались стремительно и уже к концу октября пал Штеттин. 24 мая 1807 французы заняли Данциг а 14 июня - и Кёнигсберг. Таким образов к моменту подписания Тильзитского мира 7—9 июля 1807 флотилия уже не существовала. Данных о её корабельном составе не сохранилось, ни в каких боевых действиях она не участвовала.

Во время войны с Россией Пруссия вынужденно была союзником Франции, но крайне ненадёжным, в самой Пруссии против французов велась партизанская война. Таможенную и сторожевую службу на море несли исключительно французские корабли.

В 1811 году будущий прусских военный министр, генерал фон. Раух написал меморандум «О необходимости оснащения небольшой флотилии во Фришес-Хафф и постоянного ее содержания». Предполагалось, что она будет поддерживать связь между Данцигом, Кенигсбергом и Мемелем, и генерал не преминул подчеркнуть многие преимущества, которые будут с ней связаны. Он хотел поручить военную часть задачи русскому военно-морскому офицеру, а техническую часть — командиру лоцманов в Эльбинге. Матросов можно было бы набрать из «зачисленных кантонистов», — говорил он, — которые уже служили на воде; недостающих следует «опрессовать», как это происходит со всеми морскими державами в случае необходимости. Одежду следует адаптировать к английской или хотя бы выбирать того же покроя. Он не считал пальто необходимыми, потому что люди не могли носить их во время работы. В качестве вооружения он предложил короткую широкую саблю плюс несколько или хотя бы один пистолет, который, однако, пригодился бы лишь в крайних случаях. К сожалению, эта статья не имела успеха, потому что не известно, что-бы что-то подобное произошло.

После поражения Наполеона русские войска прошли через страну на запад как освободители. После освобождения Пруссии в 1813 в строй вступили 6 вахтенных кораблей под прусским флагом, которые использовались для блокады Данцига и Штеттина. С переносом боевых действий в начале 1913 г. на запад их некоторое время использовали, как таможенные, но вскоре разоружили и продали.