Французам удалось удержать несколько крепостей на Одере и Висле. В этой ситуации Берлин оказался под угрозой со стороны французов и 25 января Фридрих Вильгельм III со своей свитой из 70 человек прибыл в Бреслау в Силезии, таким образом избежав французского плена.

28 января была создана комиссия по вооружению, в которую вошли генералы Шарнхорст, Альбрехт, Хаке, Гнейзенау и Блюхер.

Под влиянием Комиссии король согласился на основную часть военной реформы и 9 февраля 1813 года была введена всеобщая воинская повинность. В эдикте Ландштурма от 21 апреля предусматривалось, что все мужчины в возрасте от 17 до 60 лет, если они не состоят в армии или Ландвере, должны в будущем платить сборы на национальную оборону.

Король изначально опасался заключать союз с Царской империей, потому что опасался, что Россия может превратить Пруссию в государство-сателлит, как ранее Франция, но под давлением царя и подданных 28 февраля был подписан прусско-российский военный в Калишском договоре, а 4 марта русские войска вошли в Берлин, который недавно был покинут французами. Хотя король отказался от дальнейших польских территориальных претензий, царь Александр I гарантировал ему, что Пруссия вернет себе географические и финансовые условия, существовавшие до 1806 года.

10 марта король Фридрих Вильгельм III учредил орден Железного креста — награду за храбрость для солдат всех рангов.

16 марта Пруссия объявила войну Франции. 17 марта Фридрих Вильгельм III выступил в Бреслау с обращением к своим подданным, в котором просил поддержки в борьбе против Наполеона. В тот же день Шарнхорст основал прусский ландвер.

18 марта Россия и Пруссия договорились о совместных действиях в северной Германии и государствах Рейнской Конфедерации. Несколько казачьих полков двинулись на север от Берлина и вынудили герцогов Мекленбургских сменить сторону. За их исключением все государства Рейнской Конфедерации были на стороне Франции. Наполеон все еще имел относительно стабильное господство в Центральной Европе.

Фридрих Вильгельм III верхом на белом арабском жеребце лично принял участие в следующем сражении под Гросгоршеном 2 мая 1813 года, онако ему пришлось отступить, поскольку французы прорвали русские и прусские линии. Битва закончилась победой Наполеона, не в последнюю очередь потому, что государства Рейнской Конфедерации остались в союзе с Францией. После битвы при Баутцене прусской армии даже пришлось отступить из Саксонии в Силезию.

Трижды Наполеон пытался снова взять Берлин и трижды, 4 июня при Луккау, 23 августа при Гросберене и 6 сентября при Денневице, был отбит.

Дальнейшие боевые действия с участием прусской, русской и австрийской (с 11 августа) армий проходили в южных и западных землях.

По окончании боевых действий в самой Пруссии на балтийском побережье были приняты в строй под прусским флагом 6 вахтенных кораблей, которые участвовали в блокаде Данцига и Штеттина.

Морское Торговое Партнерство в это время занималось срочной реконструкцией внутренней экономики Пруссии и использовалось только как финансовое учреждение, без судоходства.

Русская кампания стоила Баварии почти всей активной армии и усилила тенденцию к отделению от Франции. Наступающие русские войска угрожали Хоферланду на северо-востоке королевства.

8 октября, за 10 дней до битвы при Лейпциге, по секретному Ридскому договору Королевство Бавария сменило сторону. Оно покинуло наполеоновскую Францию и присоединилось к Шестой коалиции в обмен на гарантии того, что ее активы будут сохранены, а 14 октября объявило войну Франции.

Точных дат списания старых яхт нет, известно только, что к 1815 они не числились.

После падения Наполеона правительство избежало угрозы распада герцогства, оставаясь рядом с Австрией, которая перешла на сторону союзников. 23 ноября 1813 года Нассау также перешло на их сторону в главном штабе во Франкфурте-на-Майне. В ассоциированном договоре Россия, Австрия и Пруссия гарантировали дальнейшее суверенное существование герцогства. Взамен оно согласилось уступить часть территории в рамках реорганизации Германии, в обмен на компенсацию.

Нет никаких данных об использовании яхт, но достоверно известно, что они существовали.

8 февраля российские войска вошли в Варшаву.

28 февраля был подписан прусско-российский военный союз в Калише, что ознаменовало начало войны шестой коалиции.

16 марта Пруссия объявила войну Франции и 18 марта Россия и Пруссия договорились о совместных действиях в северной Германии и государствах Рейнской Конфедерации. Русские войска под командованием Фридриха Карла фон Теттенборна заняли Гамбург и вытеснили французов. Однако 30 мая те отбили город.

2 апреля пруссы и русские разбили французский корпус в битве под Люнебургом. Сражение стало первой крупной боевой операцией после того, как потерпевшие поражение в России французы отступили за Эльбу.

5 апреля в битве при Мёккерне войска союзников под командованием генерала Людвига Адольфа Петера цу Сайн-Витгенштейна одержали свою первую крупную победу над численно превосходящими французскими частями.

2 мая произошли битвы при Гросгершене в пользу французов и при Галле в пользу коалиции.

20/21 мая в битве при Баутцене победил Наполеон. Благодаря этой дорогостоящей победе он добился вывода русско-прусских войск из Саксонии в Силезию.

22 мая битва при Райхенбахе и Маркерсдорфе - тактическая победа России и Пруссии.

4 июня битва при Луккау, в которой прусский корпус под командованием генерала Фридриха фон Бюлова смог успешно сорвать наступление французских войск на Берлин.

27 июня была заключена Вторая Рейхенбахская конвенция - договоры о помощи и субсидиях между Великобританией, с одной стороны, и Россией и Пруссией, с другой. Также был заключён австрийско-русско-прусский союз, в котором Австрия впервые явно встала на сторону коалиции.

23 августа поражение французов в битве при Гросберене помешало войскам Наполеона снова дойти до Берлина и положило конец французскому правлению в Бранденбургской марке.

26 августа - битва при Кацбахе, прусско-русская победа под командованием Блюхера.

26/27 августа в битве при Дрездене французы под командованием Наполеона в последний раз на немецкой земле победили основную армию союзной коалиции.

29/30 августа битва при Кульме в Богемии между коалицией и французами закончилась победой коалиционных сил.

6 сентября в битве при Денневице прусские, русские и шведские войска под предводительством Фридриха Вильгельма фон Бюлова и Богислава Фридриха Эмануэля фон Тауэнциена нанесли поражение французской армии и ее союзным саксам под командованием маршала Мишеля Нея в третьей и последней попытке взять Берлин.

16 сентября в битве при Гёрде в Вестфальском королевстве англо-русско-немецко-шведские войска под командованием генерал-лейтенанта графа Вальмодена разгромили наполеоновский отряд генерала Марка Николя Луи Пешо.

1 октября после вывода сдавшихся французских войск короля Жерома Бонапарта казачий вождь Чернышев в Касселе объявил Вестфальское королевство распущенным.

3 октября в битве при Вартенбурге прусскому корпусу удалось форсировать Эльбу и таким образом угрожать северному флангу французских войск Наполеона Бонапарта в Саксонии.

14 октября Королевство Бавария объявило войну Франции.

16-19 октября в битве при Лейпциге войска Наполеона потерпели сокрушительное поражение от союзных армий австрийцев, прусов, русских и шведов.

25 октября союзники начинали осаду Эрфурта во французском княжестве Эрфурт.

28 октября Карл Теодор фон Дальберг отрёкся от поста великого герцога Франкфуртского в пользу пасынка Наполеона Эжена де Богарне, Великое княжество распалось.

31 октября Наполеон Бонапарт и остатки его армии в двухдневной битве под Ханау одержали победу над баварско-австрийской армией.

2 ноября король Вюртемберга Фридрих I перешёл на сторону Шестой коалиции против Наполеона. В Фульдском договоре Австрия дала ему гарантии дальнейшего существования его королевства.

30 ноября принц Вильгельм Фридрих Оранский-Нассау, бывший губернатор Нидерландов Вильгельм VI, вернулся из британской ссылки.

2 декабря Нидерланды провозгласили свою независимость от французского правления и признали Вильгельма своим сувереном.

11 декабря Франция и Испания заключили мир по Валансейскому договору, французы согласились на возвращение Фердинанда VII на испанский престол.

21 декабря союзные войска шестой коалиции вошли в Швейцарию между Базелем и Шаффхаузеном, чьи пограничные войска отошли без боя.